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一、我国天然渔业资源受水产养殖业影响主要存在的问题

(一)盲目引进水产养殖新品种

基于我国地大物博，若该种类具有较强的适应性，则极易在我国各大地区找到适合其生长繁殖的水体。此外，因地域差异，我国自然界中往往缺少能够将该种类数量限制在一定范围下的天敌，在该种情况下，此种类将对我国自然环境资源及生物资源产生较大影响，不仅会打破先前固有的食物链平衡，还会对本土鱼类的生存造成威胁。因此，在引进新品种时若不将此纳入考虑范围并实行相应的防范措施，其结果极可能弊远远大于利，对我国的天然渔业资源造严重影响。当前，主要对我国渔业造成危害的入侵鱼类有食蚊鱼、甲壳类克氏螯虾、麦穗鱼、鰕虎鱼等。

(二)沿岸资源与内陆生态环境受养殖业破坏

当沿岸资源与内陆生态环境受到破坏时，将对天然渔业资源的可持续发展造成不良影响。我国海水养殖业是以藻类及贝类养殖为主的行业，而沿海湿地与潮间带则是大多数贝类及鱼类的主要培育场所，同时也形成了良好的近海或沿岸的渔业资源。然而，当该类区域被开发为养殖塘场时，富营养化或是鱼药浓度过高的养殖废话将会被排放到水中，并致使位于下游当中的贝类发生大量死亡，同时促进有毒藻类的生长，严重影响到下游地下水及水体的可持续性。此外，被开发为养殖塘场的沿岸将丧失其原有的生态系统功能，并使近岸的天然水产品产量急剧降低。

(三)使用鲜活饵料养殖对天然渔业资源造成不良影响

鲜活饵料来源于对非食用鱼以及野生幼鱼资源的捕捞。我国近海网箱养殖一直以来使用着鲜活饵料，甚至于抗风浪深海大网箱等也是使用鲜活饵料，如此长期和大范围的运用鲜活饵料将使资源耗尽，并进而导致位于食物链上层的鱼类发生严重减产现象，对渔业的资源修复效果产生直接影响。而网箱这类属于高密度的养殖模式对海浪作用具有抑制性，致使表层海水无法进行置换，使养分在表面停留，若气温较高则极易出现赤潮危害。此外，相对于国外，我国在养殖饵料利用率方面远远低于平均水准，大量的鱼类代谢物以及剩余的饵料未经过相应处理措施，在海底积累，随着时间的推移将渐渐释放硫化氢等有害物质。