在新形势下，港航业面临更加激烈的竞争，特别是生产周期越来越短，导致多货种、小批量、多票数、短周期物流成为趋势。因此，无论从提高整体经济效益的角度，还是实现供应链无缝衔接的角度，都需要港航企业实行一体化经营管理或者资产重组。根据自组织理论，现代企业是一个自组织，要求企业必须从整体出发，把管理看作是一个复杂的过程而且是自组织演化的过程;企业的发展有自己的发展演变轨迹，企业管理者必须顺着企业发展的“脉络”实施恰当的管理。在市场经济中，要充分发挥企业的自组织作用，减少不必要的行政干预。

在航道建设和船舶标准化方面如何处理好政府与市场的关系。航道主要由政府主导，船舶要以市场为主导，政府不仅要创造条件和环境，还要给予一定的拆船补贴和以旧换新等措施，突出补贴的技术性、前瞻性，重在提高企业造血能力，而非单纯输血救命。

在清洁能源使用中如何处理好各利益相关方的关系。LNG是一种具有很大发展潜力的船用燃料，LNG船为新能源和航运企业建立某种不可分割的关系。

如何处理好港航一体化问题。港航一体化可以加强装卸企业和运输企业之间的衔接，长江航运曾经有过港航一体化并产生过良好效果，由于港航分治，使二者割裂开来，产生了不少协调上的矛盾，使双方的经济效益都受到不同程度的损害。这个问题仍然值得研究或探索解决的方法与途径。

在行业管理中如何实现政府部门的有效管理问题。对于绿色船舶或低碳船舶，政府部门管理的重点是在造船环节还是运营环节，不同政府管理部门之间的关系该如何协调?再如政府在供应链和综合运输等方面应该主要管什么，怎样才能做到有效管理?

如何处理好技术创新和成果转化问题。新时代新河运，科技创新是新河运发展的关键，是新河运形成市场竞争力的源动力。在我国，造船业与航运业，由于计划经济体制的历史原因形成了分割，航运业自身大多时候更为注重市场绩效，却忽略了技术投入，缺乏长期发展的战略眼光，尽管大型航企旗下也有船厂，但更多时候是将其作为盈利部门看待，而非作为实现航运创新的“战略基础力量”。

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