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根分叉区病变的治疗目标有三点：①清除根分叉病变区内牙根面上的牙石、菌斑，控制炎症;②通过手术等方法，形成一个有利于患者自我控制菌斑并长期保持疗效的局部解剖外形，阻止病变加重;③对早期病变，争取有一定程度的牙周组织再生，这方面尚有一定难度。
1.I度病变：若牙周袋较浅，牙槽骨的外形尚佳，做龈下刮治使牙周袋变浅即可。若袋较深，牙槽骨不符合生理外形，应在基础治疗后，行翻瓣手术消除牙周袋和修整骨外形，以利于菌斑控制。
2.Ⅱ度病变：根据骨破坏的程度、牙周袋的深度以及有无牙龈退缩等条件，选用以下治疗方法：
(1)对骨质破坏较轻，根柱较长，牙龈能充分覆盖根分叉开口处的下颌磨牙Ⅱ度病变和上颌磨牙颊侧的Ⅱ度病变，可行嗣瓣术+植骨术，或引导性组织再生术。以期获得根分叉处的牙周组织再生，形成新的附着。
(2)对于骨质破坏较多，牙龈有退缩，术后难以完全覆盖分叉区者，可行根向复位瓣手术和骨成形术，术后使根分叉区充分暴露，有利于患者控制菌斑。一般不宜只做牙周袋切除术。因为会使该区的附着龈变窄，而且切除后牙龈因保持生物学宽度而仍易重新长高，使牙周袋复发而再度覆盖根分叉区。
3.Ⅲ度和Ⅳ度病变治疗目的是使根分叉区充分暴露，以利菌斑控触。
(1)颊侧的深牙周袋若有足够宽的附着龈，可行袋壁切除术;若附着龈较窄，则应行根向复位瓣术。下颌牙的舌侧一般可切除袋壁。
(2)若多根牙仅有一个根病变较重，有深牙周袋和骨吸收，另一或两个根病情较轻，且患牙尚不太松动，则可行截根术。对于上颌磨牙颊根的病变效果甚佳。
(3)下颌磨牙当根分叉区病变较重而近，远中根分别还有一定的支持组织时，可行分根术，将患牙分割为近中和远中两个“单根牙”;然后分别做冠或做连冠修复
(4)若某一根病变已严重，另一根尚好，则可行半牙切除术，将严重的一半连冠带根一起摘除，保留另一半侧。在做截根术、分根术或半牙切除术前，均应先做完善的根管治疗，还应进行调合，以减轻患牙的咬合负担，多数患牙在术后还要以冠、桥等修复，这些修复体应根据牙齿的特点设计，以符合保护牙周组织的要求。
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