发展生态农业的几大障碍但不能否认，还存在着一些问题。这些问题正成为限制生态农业进一步发展的障碍。

理论基础尚不完备生态农业是一种复杂的系统工程，它需要包括农学、林学、畜牧学、水产养殖、生态学、资源科学、环境科学、加工技术以及社会科学在内的多种学科的支持。

以前的研究，往往是单一学科的，因此可能对这一复杂系统中的某一方面有了一定的、甚至是比较深入的了解，但是对于这些方面之间的相互作用还知之甚少。因此，需要进一步从系统、综合的角度，对生态农业进行更加深入的研究，特别是要素之间的耦合规律、结构的优化设计、科学的分类体系、客观的评价方法方面。这种研究应当建立在对现有生态农业模式进行深入的调查分析基础上，必须超越生物学、生态学、社会科学和经济学之间的界限，应当是多学科的交叉与综合，需要多种学科专家的共同参与，需要建立生态农业的自身的理论体系。

技术体系不够完善在一个生态农业系统中，往往包含了多种组成成分，这些成分之间具有非常复杂的关系。例如，为了在鱼塘中饲养鸭子，就要考虑鸭子的饲养数量，而鸭子的数量将受到水的交换速度、水塘容积、水体质量、鱼的品种类型和数量、水温、鸭子的年龄和大小等众多条件的制约。在一般情况下，农民们并没有足够的理论知识和经验对这一复合系统进行科学的设计，而简单地照搬另一个地方的经验，也是非常困难的，往往并不能取得成功。但目前在生态农业的实践中，还缺乏技术措施的研究，既包括传统技术如何发展，也包括高新技术如何引进等问题。

政策方面存在着需要完善的地方如果没有政府的支持，就不可能使生态农业得到真正的普及和发展。而政府的支持，最重要的就是建立有效的政策激励机制与保障体系。虽然目前中国农村经济改革是非常成功的，但是对于生态农业政策的贯彻，还有许多值得完善的地方。在有些地方，由于政策方面的原因，使得农民不能对土地、水等资源进行有效的保护。

而农产品价格方面的因素，有时也成为生态农业发展的一个限制因素。因为对于比较贫困的人口来说，食物安全保障可能更为重要;但对于那些境况较好的农民来说，较高的经济效益，可能会成为刺激他们从事生态农业的基本动力。

服务水平和能力建设不能适应要求对于生态农业的发展，服务与技术是同等重要的。