高校实行事业会计与基建会计分离的政策，将高校这一完整的会计主体人为地划分为高校事业单位和高校基本建设单位两个会计主体，造成高校会计主体不完整， 详细内容请看下文高校事业会计与基建会计核算。

一方面高校事业会计账务只反映教学日常经费的往来，不对基本建设的资金往来进行反映，也不用对学校的基本建设资金投入进行反映，只有当工程竣工完成并交付时，按有关部门批复的自筹基建投资计划转出自筹基建经费，形成固定资产转入高校事业单位会计账务中进行反映。这样对于一个新校区建设需要相当长的时期才能完成的工程项目来说，在整个项目竣工完成交付使用前长期不能清楚地反映工程项目的资金动态流转情况，从而缺乏有效监管。另一方面基建会计账务按照相关规定开立银行账户实行专款专用，实行其独立的会计财务核算体系和与高校事业会计财务完全不同的会计处理方法完成资金收支过程。在基本建设项目完工前，高校事业会计账务中没有反映，使得高校事业会计账务的账面资产大大小于实际资产，造成账实不符的现象。这不符合《事业单位会计准则》中“会计核算应当以事业单位自身发生的各项经济业务为对象，记录和反映事业单位自身的各项经济活动”这一基本前提。

对会计信息的使用者来讲，要了解一所高校会计信息不仅是高校事业会计提供的高校教学科研、学生管理、后勤服务等日常教学经济活动的经费收支情况，还应该包括基本建设相关的经费收支情况。为了获取全面的会计信息就需要把高校事业会计信息和基建会计信息进行合并加工。这样一来对于会计信息使用者增加了工作，并且在合并加工处理过程中又多增加了一道人工处理环节，这样增加了会计信息产生错误的风险。

对于高校财务管理来讲，因为有两个会计主体、两套账、两套会计报表，两个会计主体都通过各自的渠道上报，一套报表都只是学校经济活动的一部分，不能反映高校整个经济活动的全貌，也不便于高校内部财务管理和财务决策，这种会计信息失真是一种制度性失真。 从会计信息来源来讲，高校事业会计的核算和监督方法是建立在一套完善的财务控制制度之上的。但对基建会计的核算与监督则相对较弱，在会计人员配备方面，对于不经常发生的的基本建设项目经济活动还很陌生，还是在内部控制方面都表现出一定的不足，个别高校甚至将基建财务作为一种调节手段，将事业会计无法正常列支的项目人为地列到基建支出中，加之目前高校财务审计主要针对事业财务审计，对基建财务审计重视不够，导致会计信息的质量无法保证。