（二）监管冲突、监管不力的原因分析
第一，现行食品安全立法上的原因。
1、立法空白。
尽管我国治理食品安全的基本法律框架及其基本法律制度已经初步形成，在保障我国的食品安全方面发挥了重要作用。然而，在经济发展、公众需求不断提升的背景下，立法上的空白一定程度上导致的监管冲突、监管不力的局面。
（1）从食品安全监管的范围来看，现有的有关食品安全方面的法律法规散见于《食品卫生法》、《产品质量法》、《农业法》和《动物防疫法》和《进出口商品检验法》等几十部法律法规中。这些法律欠完善，相互间协调和配套性差，未能涵盖从农田到餐桌的各个环节，留下了许多执法空隙和隐患。例如对于分散的农户食品生产的监管法规、对因食品安全问题致人财产与人身损害的归责原则等方面，都尚属空缺。
（2）从各政府部门监管职能的分工来看，有些部门开展监管工作并没有有关法律的授权，其监管行为尚无法律依据。例如，2003年3月10日，国务院宣布组建的国家食品药品监督管理局时希望该局能履行的综合监督、组织协调和依法组织开展重大食品安全事故查处等职责，但目前尚没有法律予以规范与保障，以至于难以发挥预期效能。
（3）从食品安全监管的内涵来看，我国食品安全法律体系对“食品安全”等最重要、最基本的概念尚未有明确的法律定义。食品数量安全、卫生安全和质量安全的定义不够完善，食品营养安全、生物安全、可持续安全等重要内容尚未纳入法律的调整范围。因此，涉及食品安全的法律保障制度还存在很大的空白。
2、立法滞后。
在新形势下，现有法律中的部分对食品安全仅做了一些概要性规定，没能充分反映新形势下消费者对食品安全的要求，因而在遇到一些实际情况时可操作性不强，造成难以追究违法责任的局面。
例如，《食品卫生法》及其配套法规构成了我国食品监管的法律基础之一，它的实施对我国食品卫生水平的提高起到了重要的作用，但《食品卫生法》部门立法的痕迹十分明显，单纯的“卫生”概念已无法涵盖当前食品安全的各类问题，法律滞后已显而易见。
又如，例如，我国早在1996年就针对食品添加剂的使用和剂量出台了国家强制标准《食品添加剂使用卫生标准》，但由于我国对滥用食品添加剂的法律责任缺乏明确的规定，食品安全监管部门无法对违法行为作出行政处罚，目前滥用食品添加剂已经成为产品不合格的重要因素。
3、立法冲突。
（1）从法律体系的层次角度看，法律结构层次不清造成监管冲突。一个科学、高效的体系应当由核心规范和配套规范构成，但食品安全法律的问题恰恰在于未能形成法律的核心。法律冲突尤其表现在《产品质量法》和《食品卫生法》之间。食品与产品的概念是种属关系，《产品质量法》是调整普通产品的法律规范，当属一般法；《食品卫生法》是调整食品卫生的专门法律，当属特别法，应当优先适用。但我国的现状却是《产品质量法》在法律适用上不断延伸，一步一步地介入食品安全的具体监管。而应当成为食品法律体系的核心的唯一一部调整食品生产经营的专业法，在实施过程中被不断地弱化，适用空间不断压缩，无法对体系内的其他法律规范发挥指导作用。两部并行的法律各自形成其配套规范和标准，从行政许可、行政处罚和标准体系，都在不断角力，一般法与特别法的层次完全打破。由此造成卫生部门与质检部门间的冲突不断。 （2）从各部门法律协调性较差造成监管不力：
例如《食品卫生法》规定，对生产不符合卫生标准的食品，造成严重食物中毒事故或者其他严重食源性疾患，对人体健康造成严重危害的，依法追究刑事责任。而《刑法》规定生产、销售不符合卫生标准的食品，只要足以造成严重食物中毒或其他严重食源性疾患的，即构成犯罪。前者要求为结果犯，而后者要求为危险犯，两者的脱节容易造成监管部门无所适从，放纵违法犯罪分子。
又如，对市场上发现没有经过检疫的猪肉的处理，《动物防疫法》、《食品卫生法》、国务院《生猪屠宰管理条例》规定三种力度不同的惩罚措施，经常产生同类案例有不同处罚结果的情况。这就必然给执法带来困难。
第二，现行食品安全监管体制上的原因
根据本国现阶段情况合理设定监管体制是政府实施高效的食品安全监管的保证。监管冲突的产生，在很大程度上归咎于食品安全监管体制未能适应当前食品安全形势发展的需要。具体表现在：
1、部门间职能职责划分不清，权力交叉、模糊，缺乏协调配合。如上所述，分段管理下的管理格局，既可以形成“多头分散、齐抓共管”的局面，也不可避免地造成类似鲜肉市场的“多头有责、无人负责”的现象。
2、同一部门上下级之间职责不清。由于大多数法律、法规和规章对执法的级别管辖无明确规定，造成执法部门的职权上下一般粗，上级能管的，下级在本区域内也可以管，下级能管的，上级也可以管。这种职能、职责不清的状况，直接导致监管工作低效运作，甚至有利争着做、无利没人管、发生问题互相推责任的混乱局面。
3、部门内部工作制度不健全。一些地方的监管部门没有制定有效的监管制度，监管工作未做到经常化、制度化、具体化。对一些食品安全监管中出现的问题往往靠搞突击检查“紧急救火”。 这样，日常的监管工作不能正常开展，日常的违法行为也就难以得到有效的追究与遏制。