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事业单位是指不直接进行物质资料的生产和流通，不具有国家管理职能，直接或间接地为上层建筑、生产建设和人民生活服务的单位。是我国一种重要的特殊的组织形式，具有资产性质和职能的复杂性，行使国家赋予的权力、具有一定政府职能、管理社会公共事务的组织机构。虽然财务管理在事业单位发挥了越来越重要的作用，但是财务管理在观念上和人员素质上都存在很多问题。因此在新形势下加强财务管理，是摆在我们面前的一项重要任务。 
从目前的形势看，事业单位财务管理存在的以下几方面的问题： 
第一，一些事业单位领导不重视财务管理工作，缺乏财务管理意识，不了解财务管理的政策法规，未将法规学习纳入重要工作日程；财务管理应有的辅助决策和监督控制功能没有得到发挥。同时很多事业单位侧重于经费支出审批程序等会计基础工作，忽视了预算管理、资产管理、财务分析等职能，财务管理过于简单。缺乏科学的理财和成本意识，不注重资金的使用效益，管理体制不健全。 
第二，预算编制不完善、预算执行不够规范、经费使用缺乏计划性。在预算编制中，对预算编制重要性认识不足，简单地采用增量预算法编制预算不准确。部分部门未将应纳入单位预算管理的预算外资金统一纳入单位预算，隐瞒、截留财政资金和其他收入，私设小金库。预算支出随意性也大，超发津贴、奖金，超支业务费的现象普遍，审批制度不严格，“专款不专用”的现象经常发生。财务部门的考核也只停留在表面，存在一定的随意性和盲目性。 
第三，资产管理混乱、账实不符。财产清查制度不健全、管理权责不清，尤其体现在固定资产上。有的单位长期以来未对固定资产进行盘点和清理，资产使用效率低，流失严重；监督机制不健全；固定资产出租管理不到位且混乱，取得的收益不上缴财政专户。事业单位缺乏制度化和程序化管理，导致腐败发生，虚增资产价值。 
第四，银行账户开立混乱，票据管理不规范。近年来，事业单位多头开户的现象越来越严重，造成资金分散，不易管理，给审计稽核和财务监督工作带来困难。同时事业单位的票据管理存在许多违纪问题。比如领购手续不健全，核销上存在监督漏洞；票据存根与入账金额不符等。货币资金管理有漏洞，部分事业单位变相隐瞒截留收入，账外资产问题严重；相关职务没有分离；现金管理问题很多；通过往来账户对真实收入掩盖，从而偷逃税；资金使用缺乏计划性，费用开支不透明，导致事业单位经费紧缺。 
第五，财务人员素质较差、会计基础工作不规范。财务人员专业素质参差不齐，有相当一部分未经过系统的财会知识培训，理财观念陈旧，知识欠缺，方法落后。同时事业单位会计基础工作较薄弱。如原始凭证各项内容不全、以假充真，收付款凭证概念不清、审核不严；财务报告内容不全、根据单位领导的授意进行“编报”、普遍没有报表分析说明等。