近日，《财政部、国家税务总局、中国人民银行关于印发〈跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理办法〉的通知》(财预〔2012〕40号，以下简称新办法)下发，就跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理办法进行明确。该文件自2013年1月1日起执行。新办法与《财政部、国家税务总局、中国人民银行关于印发〈跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法〉的通知》(财预〔2008〕10号，以下简称原办法)相比，主要有以下5个变化。
“三因素”确认的时间不同
原办法规定，总机构在每月或每季终了之日起十日内，按照以前年度(1月～6月按上上年，7月～12月按上年)各省市分支机构的经营收入、职工工资和资产总额三个因素，将统一计算的企业当期应纳税额的50%在各分支机构之间进行分摊(总机构所在省市同时设有分支机构的，同样按三个因素分摊)。
新办法规定，总机构在每月或每季终了之日起十日内，按照上年度各省市分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素，将统一计算的企业当期应纳税额的50%在各分支机构之间进行分摊(总机构所在省市同时设有分支机构的，同样按三个因素分摊)。
按照新办法，三因素(营业收入、职工薪酬和资产总额)由原办法规定的按以前年度改由按上年度来确定。同时，将原办法的经营收入改为新办法的营业收入，但该收入的界定范围没有发生改变。新办法仅是明确让渡资产使用权收入应计入营业收入，金融机构的营业收入范围包括佣金收入。
汇总清算方式改变
原办法规定，各分支机构不进行企业所得税汇算清缴，统一由总机构按照相关规定进行。总机构所在地税务机关根据汇总计算的企业年度全部应纳税额，扣除总机构和各境内分支机构已预缴的税款，多退少补。补缴的税款由总机构全额就地缴入中央国库，不实行与总机构所在地分享。多缴的税款由总机构所在地税务机关开具收入退还书并按规定办理退库。
新办法规定，企业总机构汇总计算企业年度应纳所得税额，扣除总机构和各境内分支机构已预缴的税款，计算出应补应退税款，分别由总机构和各分支机构(不包括当年已办理注销税务登记的分支机构)就地办理税款缴库或退库。补缴的税款按照预缴的分配比例，50%由各分支机构就地办理缴库。多缴的税款按照预缴的分配比例，50%由各分支机构就地办理退库。
按照新办法，年度汇算清缴时，确定补退税的方式也发生了改变。与原办法规定，由总机构向总机构所在地主管税务机关办理改为由总机构和各分支机构就地办理补退税。
税款缴库程序改变
原办法规定，总机构进行企业所得税汇算清缴，按照汇总计算的企业年度全部应纳税额，扣除总机构和各境内分支机构已预缴的税款，确定应缴应退税款。补缴的税款由总机构全额缴入中央国库，多缴的税款由总机构所在地税务机关按规定办理退库。因此，对于企业所得税汇算清缴结清的应缴应退税款，是由总机构办理申报，分支机构只需办理预缴申报。
原办法的预缴税款缴库程序规定为：分支机构分摊的预缴税款由分支机构办理就地入库，总机构就地预缴税款和总机构预缴中央国库税款由总机构合并办理就地缴库。
新办法规定，分支机构分摊的预缴税款、汇算补缴税款、查补税款(包括滞纳金和罚款)由分支机构办理就地缴库。总机构就地预缴、汇算补缴、查补税款(包括滞纳金和罚款)由总机构合并办理就地缴库。多缴的税款由分支机构和总机构所在地税务机关开具收入退还书并按规定办理退库。
由于新办法改变了汇总清算方式，新办法除了规定预缴税款，还规定了汇算补缴税款、查补税款(包括滞纳金和罚款)的缴库程序以及多缴税款的退库程序。
按照新办法规定，分机构和总机构涉及的汇算补缴税款、查补税款(包括滞纳金和罚款)，多缴税款，应分别向分支机构和总机构所在地主管税务机关办理。
新办法增加预算科目
原办法对《2008年政府收支分类科目》101类“税收收入”有关科目作如下修订：(一)在10104款“企业所得税”新增40项“分支机构预缴所得税”、41项“总机构预缴所得税”、42项“总机构汇算清缴所得税”、43项“企业所得税待分配收入”和相关目级科目。(二)在10105款“企业所得税退税”增设35项“跨省市总分机构企业所得税退税”。
新办法在政府收支分类科目中增设1010449项“分支机构汇算清缴所得税”科目，其下设01目“国有企业分支机构汇算清缴所得税”、02目“股份制企业分支机构汇算清缴所得税”、03目“港澳台和外商投资企业分支机构汇算清缴所得税”、99目“其他企业分支机构汇算清缴所得税”。
条款顺序微调
新办法将原办法第五条汇总清算改为第四条，原办法第四条改为新办法第五条。
另外，新办法对不实行汇总纳税的跨省市总分机构列出了具体名单，与原办法规定相比，排除铁路运输企业(包括广铁集团和大秦铁路(601006，股吧)公司)，新增加中国长江电力(600900，股吧)股份有限公司。
需要注意的是，财预〔2012〕12号文件针对的是跨省市总分机构企业所得税收入的征缴和分配管理问题，对于非跨省市总分机构，仍应按企业所在省市规定的办法执行。此外，自2013年1月1日起执行的新办法废止了原办法，而《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》(国税发〔2008〕28号)文件是根据原办法制订的。所以，国税发〔2008〕28号文件很可能将被修改或废止后重新发布。也就是说，2012年将继续执行原办法和国税发〔2008〕28号文件，自2013年1月1日起，跨省市总分机构所得税分配及预算办法将发生改变，企业应及时关注政策的变化，以便正确进行企业所得税申报。