参与京沪营改增试点专家咨询的多家大型会计师事务所合伙人向《经济参考报(微博)》记者透露，营改增试点可避免双重征税，并降低交通运输业和部分现代服务业的整体税负。然而，某些政策截至目前尚未出台操作性强的细则，有可能拖累企业的减税进程。上述资深税务人士呼吁，财税部门应尽快出台相关细则。
普华永道中国大陆及香港地区间接税主管合伙人胡根荣告诉记者，在财政部和国家税务总局《关于应税服务适用增值税零税率和免税政策的通知》(财税[2011]131号)出台之后，由于缺乏操作指引，上海试点中各区税务部门仍然遵循不同的标准。“有些区是先把税收上来，想着等指引出来后再把超额征收部分退还给纳税人;有些区是先不征税，想着等指引出来后，再保留向纳税人追缴的权利。”胡根荣说。
在应税服务出口适用免税方面，由于缺乏相关指引，根据财税[2011]131号文，上海试点中，在向境外单位提供的9种应税服务时，申请、审批手续分别让纳税人和税务部门“非常头疼”。胡根荣说，由于暂时还没有统一的操作方法，上海市国税局目前不确定允许纳税人在进行增值税申报时，直接填报为免税服务。
另外，在应税服务出口适用零税率方面，胡根荣也认为缺乏相关指引。他举例称，某公司曾向他咨询，该公司与境外甲公司签订了设计服务合同，合同约定由该公司协助甲公司向境内乙公司提供服务，服务费由甲公司支付给该公司。该公司想知道，自己的服务是否属于向境外单位提供服务而适用零税率。胡根荣对此表示，向“境外单位提供服务”的定义还有待进一步明确。实践中，不同地方的税务局对于上述问题的意见也不同。
曾为上海、北京营改增试点筹备提供咨询的安永中国间接税合伙人梁因乐提醒试点企业，北京的税务机关很可能将进一步出台北京的地方规定、解释或指引，以明确在北京增值税改革试点运行中被挖掘出的实务问题。因此，企业应确保投入充足的资源和付出足够的努力，认真分析将对生产经营产生的影响，并提前对即将到来的政策变化做好充分的准备。
中瑞岳华会计师事务所高级合伙人张连起在接受《经济参考报》记者采访时表示，目前来看，各个试点地区在具体政策上有所不同。他建议，在宏观政策框架下，各地方可结合自身实际，围绕更加扶持创新型企业、高科技型企业，在税制实施细则上点对点的措施上再多安排一些优惠。“这样才能根本上达到促进结构转型的目的。”
实际上，已有相关配套文件在近期陆续出台。国税总局日前下发了《营业税改征增值税试点有关企业会计处理规定》(财会[2012]13号)，德勤税务及商务咨询部合伙人曹菲对《经济参考报》记者说，该规定对增值税差额征税、试点前留抵税额、取得过渡性财政扶持资金等事项的会计处理做出了明确，就营改增过程中新出现的会计核算问题及时地提供了规范和指导。这一文件的发布体现了相关部门对试点过程中所反映问题的重视程度和处理的及时性，将有利于纳税人正确进行会计核算，提高财税遵从水平，从而准确反映企业的财务状况和经营成果。