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会计核算的依据是国家的相关法律、法规和企业会计准则、会计制度。然而，在《企业会计制度》、《施工企业会计核算办法》以及2006年颁布的《企业会计准则第15号——建造合同》中均没有对分包工程的会计核算作出明确的规定。目前在施工企业会计实践中，对分包工程的会计处理方法主要有两种：第一种作法将分包的工程收入纳入本公司的收入，将所支付的分包工程款作为本公司的施工成本，与自己承建的工程做同样的处理；第二种作法视分包工程与自己没有关系，分包工程的收入和支出均不通过本公司收支体系核算。
比较而言，第一种作法的特点是全面反映了总承包方的收入与成本，与《建筑法》、《合同法》中对总承包人相关责任和义务的规定是吻合的；第二种作法尽管和《营业税暂行条例》有关“总承包企业以工程的全部承包额减去付给分包人的价款后的余额为营业额”的规定匹配较好，但却没有全面反映总承包方的收入与费用；再者，按第一种作法确认的收入与《营业税暂行条例》营业额的差异，属于会计规定与税法规定的正常差异，并不影响对分包工程的会计核算。因此，承包方企业在核算分包工程在各会计期间的营业收入与费用时，可按照第一种作法的进行账务处理。
(一)在总包方代扣代缴分包营业税的情况下：
例：乙建筑公司承包一项工程，工期10个月，总承包收入8000万元，其中装修工程2000万元，分包给丁公司承建。乙公司完成工程累计发生合同成本5500万元，项目在当年12月份如期完工。其账务处理如下：
①乙公司完成项目发生成本费用时，
借：工程施工——合同成本55000000
贷：原材料等55000000
收到甲方一次性结算的总承包款时，
借：银行存款80000000
贷：工程结算80000000
②计提营业税金及代扣营业税时，
计提营业税金＝（8000－2000）x3％＝180（万元）
应代扣营业税＝2000x3％＝60（万元）
借：营业税金及附加1800000
应付账款600000
贷：应交税费——应交营业税2400000
③缴纳营业税时，
借：应交税费——应交营业税2400000
贷：银行存款2400000
④分包工程完工验工结算时，
借：工程施工——合同成本20000000
贷：应付账款20000000
⑤支付工程款时，
借：应付账款19400000
贷：银行存款19400000
⑥乙公司确认该项目收入与费用时，
借：主营业务成本75000000
工程施工——合同毛利5000000
贷：主营业务收入80000000
⑦工程结算与工程施工对冲结平时，
借：工程结算80000000
贷：工程施工——合同成本75000000
——合同毛利5000000
(二)在总包方不代扣代缴分包营业税的情况下：
例：乙建筑公司承包一项工程，工期10个月，总承包收入8000万元，其中装修工程2000万元，分包给丁公司承建。乙公司完成工程累计发生合同成本5500万元，项目在当年12月份如期完工。其账务处理如下：
①乙公司完成项目发生成本费用时，
借：工程施工——合同成本55000000
贷：原材料等55000000
收到甲方一次性结算的总承包款时，
借：银行存款80000000
贷：工程结算80000000
②计提营业税金时，
计提营业税金＝（8000－2000）x3％＝180（万元）
借：营业税金及附加1800000
贷：应交税费——应交营业税1800000
③缴纳营业税时，
借：应交税费——应交营业税1800000
贷：银行存款1800000
④分包工程完工验工结算时
借：工程施工——分包成本19400000
——分包成本（营业税金及附加）600000
贷：应付账款20000000
⑤支付工程款时
借：应付账款20000000
贷：银行存款20000000
⑥乙公司确认该项目收入与费用时
借：主营业务成本74400000（19400000+55000000）
应交税费——应交营业税600000
工程施工——合同毛利5000000
贷：主营业务收入80000000
⑦工程结算与工程施工对冲结平时
借：工程结算80000000
贷：工程施工——合同成本75000000
——合同毛利5000000
根据分包人提供的发票,到主管税务机关退还营业税及附加:
借：银行存款600000
贷：应交税费——应交营业税600000
(三)在建设单位代扣代缴总包和分包营业税的情况下：
例：乙建筑公司承包一项工程，工期10个月，总承包收入8000万元，其中装修工程2000万元，分包给丁公司承建。乙公司完成工程累计发生合同成本5500万元，项目在当年12月份如期完工。其账务处理如下：
①乙公司完成项目发生成本费用时，
借：工程施工——合同成本55000000
贷：原材料等55000000
收到甲方一次性结算的总承包款时，
借：银行存款77600000
应交税费——应交营业税2400000
贷：工程结算80000000
②计提营业税金及代扣营业税时，
计提营业税金＝（8000－2000）x3％＝180（万元）
应代扣营业税＝2000x3％＝60（万元）
借：营业税金及附加1800000
应付账款600000
贷：应交税费——应交营业税2400000
③分包工程完工验工结算时，
借：工程施工——合同成本20000000
贷：应付账款20000000
④支付工程款时，
借：应付账款19400000
贷：银行存款19400000
⑤乙公司确认该项目收入与费用时，
借：主营业务成本75000000
工程施工——合同毛利5000000
贷：主营业务收入80000000
⑥工程结算与工程施工对冲结平时，
借：工程结算80000000
贷：工程施工——合同成本75000000
——合同毛利5000000
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