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关于ASP种畜BLUP育种值的程序设计

编辑:sx_zhangjh

2014-05-28

关于ASP种畜BLUP育种值的程序设计

1948年。美国学者Henderson提出了BLUP法,即最佳线性无偏预测(Best Linear Unbiased Predic—tion)法。该方法具有估计值方差最小、可消除因选择或淘汰等原因造成的偏差等特性,获得的种畜育种值精确性较高。是进行种畜遗传评定的主要方法之一。该方法对于低遗传力性状和限性性状的效果明显,可广泛应用于奶牛各种性状的评定中。

采用ASP语言,结合Excel文件开发了一个计算单性状BLUP的应用程序,实现种畜育种值的自动计算功能。

l 基本原理假设某一群体存在若干公畜。则任一公畜后代的观测值可用以下模型表示:

Yjk=U+hi+Sij+e (1)其中,Y 是后代的成绩观察值,u是总体均值,h。是第i个畜群的固定效应,S .是第i个畜群第i个公畜的随机效应,而e 是随机剩余效应。

若(1)式采用矩阵形式表示,则为:

Y=Xb十Zu+e (2)其中,Y为观察值向量,X为已知固定冈子的结构矩阵,b为未知固定向量,z为已知随机因子的结构矩阵,u为未知随机向量,e为随机效应向量。

这里的 就是要计算的家畜育种值估计量,即BLUP育种值。

2 ASP程序设计打开一个记事本文件,将文件名和后缀更改为“index.asp”,并保存。关于ASP种畜BLUP育种值的程序设计,其全部代码如下:

0 Or k(i,1)=k(j,3)<>0 ThenC(i,j):O.5:c(i,i)=0.5Elsef k(i,2)=k(j,2)<>0 Or k(i,3)=k O,3)<>0ThenⅡi=j Then e(i,j)=0.25:c O,i)=0.25ElseIf k(i,2):k 0,2)<>0 And k(i,3)=k 0,3)<>0ThenC(j,j):O.5:c 0,i)=0.5End I Next:NextFor i=l To xIf k(i,2)+k(i,3)=0 ThenC(i,i)=1ElseIfk(j,2) k 0,3)=0 ThenFor j:1 To xIf k(i,2)=k 0,1)Then p=jIfk(i,3)=k 0,1)Then p=jC(i,i)=1Fo r m=l TO i一1C(i,m)=c(p,m) 0.5:c(m,i)-c(i,m)Next:NextElseFor j=1 ToIf k(i,2)=k(j,1)Then p=jIf k(i,3)=k 0,1)Then q=jFor m=l To i-1C(i,m)=0.5 (C(p,m)+c(q,m)):c(m,i)=c(i,m)Nexte(1一,1)=O。5 e(P,q)+1NextEnd If:Next分子矩阵逆阵Dim bb,ee,kkFor i=l To x:For i-1 To xe(i,j)=c(1一,j)Ifj:i Then e(i,j+x)=1If j<>i Then e(i,j+x)=0Next:NextFor i:l To x:For t=i To xIf e(t,i)<>0 ThenFor i-1 To 2 xbb=e(i,j):e(i,j)=e(t,j):e(t,j)=bbNextcc=l/e(i,i)Forj=l To 2*xe(i'j)=ee e(i,j)NextEnd If::NextFor j=1 To xIfj<>i Thenkk=-e(j,i)For m-1 To 2*xe(i,m)-e j,m)+kk e(i,m)NextEnd If:Next:NextFor i=l To x:For i-1 To xC(i,j)-e(i,x+j)Next:Next输出矩阵For i=l To x+z:For._l To x+zl(i,j)=0If i=j Then l(j,j)=b(i)Next:NextFor i=l To x:For i-1 To Zl(z+i'j)=k(i,2“j+2):l O,z+i)=k(i,2 j+2)Next:NextFor i=z+l To x+z:For i_z+1 To x+zl(i'j)=l(i'j)+h e(i-z,j-z)Next:Next结构矩阵逆阵Dim bbb,CCC,kkkFor i=l To x+z:For j=1 To x+zf(i'j)=l )Ifj=i Then f(i'j+x+z)=lIf j<>i Then f(i,j+x+z)=0Next:NextFor i_1 To x+z:For t=i To x+zIf f(t,i)<>0 ThenFor j=1 To 2 x+2 Zbbb=f(i,j):f(i,j)=f(t,j):f(t,j)=bbbNextccc=l/f(i,i)For j=1 To 2 x+2 Zf(i,j)=CCC f(i'j)NextEnd If:NextFor i_l To x+zIfi<>i Thenkkk=一f(j,i)For m=1 To 2*x+2*zf j,m):f O,m)+kkk f(i,m)NextEnd If:Next:NextFor i=l To x+z:For j=l To x+zg(i'j)=f(i,x+z+j)Next:NextFor i=l To x+zs(it1)=0For m=l To x+zs(i,1)=s(it1)+g(i,m) a(m):s(i,1)=int(1000 S(i,1))/1000Next:NextResponse.write f”

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