（三）最惠国待遇原则适用的例外
尽管WTO体制规定了一成员必须主动给与其他成员无条件的多边最惠国待遇，但允许在特定情况下可以背离最惠国待遇原则。因此，掌握各种里外是我们运用最惠国待遇的重要前提。
1．最惠国待遇原则在货物贸易领域的例外和实行例外的条件
关贸总协定第1条第2、3、4款规定了关于最惠国待遇的例外和实行里外的条件：
（1）关贸总协定规定的一成员为保障、植物及人民的生命、健康、安全或一些特定目的对进出口采取的所有措施
（2）国家安全的例外。当一国的国家安全受到威胁时，可以不履行最惠国待遇的义务。
（3）特定成员方之间不适用。其条件是：①两个缔约方间没有进行关税谈判；②缔约方的任何一方在另一方成为缔约方时不同意对它实施本协定或本协定的第二条所规定的优惠。第35条第2款还规定，经任何缔约方提出请求，缔约方全体可以检查在特定情况下本条规定的执行情况，并提出适当建议。例如，建议两个成员方进行关税减让谈判，达成协定实行后实行最惠国待遇。
（4）对发展中国家的单方面优惠安排。例如发达国家给与发展中国家的工业品及半成品以更加优惠的差别关税待遇；在非关税措施方面给与发展中国家更为优惠的差别待遇；对最不发达国家实行的特殊优惠。发达国家单方面承诺对来自发展中国家的货物实行免税进入市场的单方贸易优惠，成为非互惠安排。根据关贸总协定和东京回合1979年11月28日关贸总协定缔约方全体大会的决定，这种单方面优惠有：普惠制，发达国家允许来自所有发展中国家进口的工业品和部分农产品适用更优惠的税率和免税税率；洛美协定，欧盟成员国允许来自一些非洲和加勒比海地区国家及亚太地区的最不发达国家的进口货物免税进入欧盟市场；加勒比海盆地安排，美国允许免税进口来自加勒比海地区国家的货物。
（5）自由贸易区、关税同盟及边境贸易。允许少数国家享受的待遇可不给与其他WTO成员：经济一体化组织内部的待遇可不给与其他非该组织的WTO成员；欧盟内部成员国之间的零关税待遇可以不给与美国、加拿大等。这一里外的意义时，关税同盟和自由贸易区的成员之间可以适用更低或者免税的优惠，可以不扩展到WTO的其他成员。关贸总协定第2条对此作了肯定：“各缔约方认为，通过自愿签订协定发展各国之间经济一体化，以扩大贸易自由化是有好处的。”该条第5款规定：“本协定的各项规定，不得阻止各缔约方在其领土之间建立关税同盟或自由贸易区，或为建立关税同盟或自由贸易区的需要采用某种临时协定。”关贸总协定还规定了实行关税同盟和自由贸易区的条件：（1）在区域成员国之间的贸易取消了关税和其它贸易限制；（2）同盟不应导致对其他成员实施新的贸易壁垒，对同盟外的缔约国家的贸易实施同样关税税率。2003年6月29日，中央政府与香港特区政府在港正式签署《内地与香港关于建立更紧密经贸关系的安排》就是这一例外的体现。
（6）关贸总协定允许采取的其他措施，主要包括反补贴、反倾销及在争端解决机制下授权的报复措施。
（7）多边贸易协定（政府采购协定、民用航空器协定）中规定的最惠国待遇，对于不加入该种协定的成员没有约束力。
2．最惠国待遇在服务贸易领域的例外和执行例外的条件
《服务贸易总协定》同时规定了关于最惠国待遇的例外的豁免安排，允许成员放在特定条件下维持某些与最惠国待遇原则不一致的管理措施，不受最惠国待遇原则的管辖和约束。协定规定了两种合法的豁免，一是第2条第3款规定的过境服务贸易，限于当地生产和消费的服务贸易；二是第2条第2款规定的成员方自行列入《免除第2条义务附件》的措施。附件提出的程序性条件，即原始成员方可在协定生效之前一次性提出自己的豁免清单；协定生效后的任何豁免都必须有3/4以上的WTO成员同意；豁免的时间原则上不得超过10年，并且可由将来举行的多边贸易谈判予以变更；服务贸易理事会成员对超过5年的豁免将进行定期审查。
最惠国待遇里外和豁免的存在根据，首先是达成总协定是服务贸易发展水平的差异和希望使最惠国待遇原则得到普遍接受所需要的妥协，其次是拒绝非互惠的挤入。
3．最惠国待遇在与贸易有关的知识产权领域的例外和实行例外的条件
《与贸易有关的知识产权协定》第4条规定，在知识产权保护方面，某一成员提供给其他成员国民的任何利益、优惠、特权或豁免，均应立即无条件地给与全体其他成员国的国民。但一成员国提供其他成员国民的任何下述利益、优惠、特权或豁免，不在其列：
①有一般性的司法协助及法律实施的国际协定或协议引申出的，并且不是专门为保护知识产权制定的有关措施；
②．按《保护文学作品伯尔尼公约》1971年文本或罗马公约规定的按互惠待遇提供的待遇；
③．《与贸易有关的知识产权协定》没有规定的表演权、录音制品制作者权及广播组织权；
④．在WTO成立前已经生效的知识产权的国际协议中已经规定的，且将这些协议对其他成员国的国民不构成随意或不公平的歧视即可。