为了解决拨入项目款管理中存在的问题，充分发挥项目拨款的效用，事业单位可以从以下几个方面入手：

1.加强预算管理

预算管理可优化资源配置，完善基础管理，是一种有效的控制手段。事业单位可以从以下几个方面加强对拨入项目款资金的管理：第一，加强预算的编制。对项目款的预算编制，要采取科学的手段，确保预算编制和执行的一致性、连续性和稳定性。确保预算编制突出项目重点。第二，保证预算执行。严格落实专款专用的原则，认真贯彻落实《会计法》、《预算法》中关于专用款项资金管理的制度，使对项目资金的管理步入科学化和规范化的轨道;对项目款的预算执行要分清缓急，有的放矢，同时要保证款项不得随意更改用途或挪用转移，严格按照国家的制度要求进行核算，提高财务收支的透明度。

2.建立完善科学的管理制度

事业单位要加强对项目款的管理工作，必须建立并完善科学的管理制度。首先，要推行整套项目管理体制，从项目立项到预算的全流程都进行科学严格的审查，提高资金使用的科学性和合理性，保障项目资金使用充足、降本增效。其次，建立专项资金跟踪监管制度，通过日常工作的事前、事中和事后的监督，可以从全过程进行资金的统筹规划，对资金的收入和支出等重点环节更要检查其真实性和准确性，提高资金使用的透明度和效率。最后，完善会计核算制度。采用科学的方法，结合单位的实际，设立会计账簿，进行会计核算。规定对于项目在一定期限内未启动实施的，已拨入的资金必须上交;项目结余资金也应及时上交。

3.建立科学的绩效评价体系