元培学院按文理两大类招生，学生入学不分专业，在低年级学习通识课程和宽口径基础课程，元培学院的学生原则上可自由选择专业。学院目前已设置“古生物”专业、“政治学、经济学与哲学（PPE）”专业以及“外国语言与外国历史”专业等跨学科专业，以给元培学院学生提供更多选择。
　　为拓展学生综合素质，元培学院还开设了平台课“学术规范与论文写作”作为学院必修课程，并开设英文写作课“批判性思维与写作”供全院学生选修。另外，元培学院还与北京大学林肯中心合作开设了英文课“从全球视野看城市与公共经济与政策”。