学科水平：实施了“1272”学科建设工程，大力推进学科建设。现有国家重点学科一级学科2个（基础医学、药学），二、三级学科26个，军队“2110工程”重点建设学科3个（航海医学、军事生物工程和野战内科学），总后“530工程”重点建设学科2个（军队卫生勤务学和野战护理学），上海市重点学科7个。现有博士后流动站6个，博士学位授权一级学科6个，博士学位授权二、三级学科61个，硕士学位授权二、三级学科78个；学位授权学科涉及医学、法学、教育学、文学、理学、工学、管理学7大门类，基本覆盖学校现有学科专业，覆盖率达到95.7%。现有国家重点实验室1个：医学免疫学；教育部重点实验室1个：分子神经生物学。拥有全军重点实验室10个，其中免疫与基因治疗实验室、生物信号转导实验室和药物化学实验室被评为全军“重中之重”重点建设实验室。